Nachdem Meredith Grey, Cristina Yang, Izzie Stevens und Alex Karev ihre Assistenzarzt-Prüfungen nach dem ersten Ausbildungsjahr bestanden hatten, betreuen sie nun selber Assistenzärzte im ersten Jahr. George O’Malley hat die Prüfung nicht bestanden und muss somit sein erstes Jahr unter Meredith wiederholen. Als Dr. Webber erkennt, dass er mit Dr. Torres als Stationsärztin eine falsche Wahl getroffen hat, besetzt er den Posten mit Dr. Bailey. Nachdem Dr. Burke und Dr. Montgomery das Krankenhaus verlassen haben, bemüht sich Derek um neue Freunde. Er findet einen in seinem früheren besten Freund Mark Sloan. Unter den Assistenzärzten im ersten Jahr befindet sich auch Merediths Halbschwester Lexie Grey, die Cristinas Team zugeteilt ist und sich um eine gute Beziehung zu Meredith bemüht, was diese zunächst abblockt. Währenddessen gewinnt Dr. Webber die Kardiologin Dr. Erica Hahn als neue Oberärztin. Zwischen ihr und Cristina Yang ist das Verhältnis jedoch so angespannt, dass sich Yang ein neues Fachgebiet suchen soll. Mit Callie hingegen versteht sie sich blendend und sie werden gute Freundinnen. Als Dr. Montgomery aus beruflichen Gründen kurzzeitig zum SGH zurückkehrt, bringt sie Callie zum Grübeln, als sie bemerkt, dass sie und Erica wie ein Liebespaar aussehen würden. Von Mark angetrieben, küsst sie Erica schließlich. Zuletzt bekommt Dr. Bailey zunehmend Schwierigkeiten damit, Karriere und Privatleben zeitlich zu vereinbaren, was zu Eheproblemen führt und in ein Ultimatum durch ihren Ehemann gipfelt. Währenddessen trennen sich Meredith und Derek, da diese zufällig von Dereks Kuss mit Krankenschwester Rose erfahren hat. Derek kommt mit Rose zusammen, während Meredith ihre angeordnete Therapie bei einer Psychologin fortsetzt. Durch diese wird ihr klar, dass sie Derek zurückerobern sollte, was ihr schließlich auch gelingt.