Die Handlung dreht sich um verschiedene Menschen, die plötzlich außergewöhnliche Kräfte entwickeln. Neben anderen sind dies ein Brüderpaar aus New York, das zumindest scheinbar die gleiche Fähigkeit hat zu fliegen, eine Cheerleaderin stellt fest, dass sie sich von jeder Verletzung erholt und ein junger japanischer Angestellter kann die Raumzeit verbiegen und so beispielsweise sich teleportieren oder die Zeit anhalten.
Neben einer mächtigen Gruppierung interessiert sich ein junger indischer Wissenschaftler, dessen Vater das Auftauchen der Heroes entdeckt hat, für die außergewöhnlichen Menschen. Beide Parteien geraten schnell aneinander. Die Motive der mächtigen Gruppierung bleiben aber vorerst unklar. Sie scheint nicht einmal vor Mord zurückzuschrecken und verfügt über große Ressourcen sowie Helfer, die auch über spezielle Kräfte verfügen. Ein weiterer Konflikt entsteht durch einen Uhrmacher, der auf der Jagd nach den Heroes ist um ihre Kräfte zu absorbieren.
Alle Charaktere versuchen mit der Situation fertig zu werden und die Prophezeiung eines der Heroes zu verarbeiten, dass eine gigantischen Explosion New York vernichten wird.
Die Handlung wird nicht nur in den einzelnen Episoden der Fernsehserie erzählt: Details aus dem Leben verschiedener Protagonisten finden sich auch in kurzen Comics, die vom Sender im Internet veröffentlicht werden.